Add disk properties functions
This commit is contained in:
Noe Brucy
Noe Brucy
@@ -0,0 +1,664 @@
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import sys
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import numpy as np
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import os
|
||||||
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import pymses
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||||||
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import pylab as P
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||||||
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import glob as glob
|
||||||
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import pandas as pd
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import pickle as pickle
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from pymses.sources.ramses import output
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from pymses.analysis import Camera, raytracing, slicing
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def make_image_temp(
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amr,
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ro,
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center,
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radius,
|
||||||
|
num,
|
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|
path,
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i_im=0,
|
||||||
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force=False,
|
||||||
|
path_out=None,
|
||||||
|
col_dens_only=False,
|
||||||
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map_size=512,
|
||||||
|
vel_red=20,
|
||||||
|
im_pos=0.0,
|
||||||
|
tag="",
|
||||||
|
cpuamr=False,
|
||||||
|
put_title=True,
|
||||||
|
mass_norm=1.0,
|
||||||
|
AU_units=False,
|
||||||
|
):
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||||||
|
"""
|
||||||
|
Make several useful image of an output of a simulation
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||||||
|
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||||||
|
Parameters
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||||||
|
----------
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||||||
|
amr
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||||||
|
ro ramses output object
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||||||
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center 3D array for coordinates center
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|
num output number
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||||||
|
"""
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||||||
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||||||
|
lbox = ro.info["boxlen"] # boxlen in codeunits (=>pc)
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||||||
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(
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AU,
|
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|
pc,
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|
Ms,
|
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|
Myr,
|
||||||
|
scale_n,
|
||||||
|
scale_d,
|
||||||
|
scale_t,
|
||||||
|
scale_l,
|
||||||
|
scale_v,
|
||||||
|
scale_T2,
|
||||||
|
scale_ener,
|
||||||
|
scale_mag,
|
||||||
|
microG,
|
||||||
|
km_s,
|
||||||
|
Cwnm,
|
||||||
|
scale_mass,
|
||||||
|
unit_col,
|
||||||
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lbox_pc,
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) = normalisation(ro)
|
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ntick = 6
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if AU_units:
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units = pc / AU
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lbox_units = lbox * units
|
||||||
|
titre_x = "x (AU)"
|
||||||
|
titre_y = "y (AU)"
|
||||||
|
titre_z = "z (AU)"
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
units = 1.0
|
||||||
|
lbox_units = lbox
|
||||||
|
titre_x = "x (pc)"
|
||||||
|
titre_y = "y (pc)"
|
||||||
|
titre_z = "z (pc)"
|
||||||
|
|
||||||
|
lbox_cm = lbox * pc # lbox in cm
|
||||||
|
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||||||
|
time = ro.info["time"] # time in codeunits
|
||||||
|
time = time * scale_t / Myr
|
||||||
|
|
||||||
|
titre = "t=" + str(time)[0:5] + " (Myr)"
|
||||||
|
|
||||||
|
if path_out is not None:
|
||||||
|
directory = path_out
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
directory = path
|
||||||
|
|
||||||
|
rt = raytracing.RayTracer(amr, ro.info, rho_op)
|
||||||
|
rho_op = ScalarOperator(lambda dset: dset["rho"], ro.info["unit_density"])
|
||||||
|
|
||||||
|
ax_names = ["x", "y", "z"]
|
||||||
|
up_axes = ["z", "z", "x"]
|
||||||
|
other_axes = ["z", "x", "y"]
|
||||||
|
|
||||||
|
image_names = ["coldens", "rho", "T"]
|
||||||
|
|
||||||
|
for i, ax_name in enumerate(ax_names):
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||||||
|
cam = Camera(
|
||||||
|
center=center,
|
||||||
|
line_of_sight_axis=ax_name,
|
||||||
|
region_size=[2.0 * radius, 2.0 * radius],
|
||||||
|
distance=radius,
|
||||||
|
far_cut_depth=radius,
|
||||||
|
up_vector=up_axes[i],
|
||||||
|
map_max_size=map_size,
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
datamap = rt.process(cam, surf_qty=True)
|
||||||
|
map_col = np.log10(datamap.map.T * lbox_cm)
|
||||||
|
|
||||||
|
P.clf()
|
||||||
|
im = P.imshow(
|
||||||
|
map_col,
|
||||||
|
extent=[
|
||||||
|
(-radius + center[0]) * lbox_units,
|
||||||
|
(radius + center[0]) * lbox_units,
|
||||||
|
(-radius + center[1]) * lbox_units,
|
||||||
|
(radius + center[1]) * lbox_units,
|
||||||
|
],
|
||||||
|
origin="lower",
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
P.locator_params(axis=other_axes[i], nbins=ntick)
|
||||||
|
P.locator_params(axis=up_axes[i], nbins=ntick)
|
||||||
|
|
||||||
|
if put_title:
|
||||||
|
P.title(titre)
|
||||||
|
|
||||||
|
P.xlabel(titre_x)
|
||||||
|
P.ylabel(titre_y)
|
||||||
|
cbar = P.colorbar(im)
|
||||||
|
cbar.set_label(r"$log(N) \, cm^{-2}$")
|
||||||
|
|
||||||
|
name = directory + "/coldens_" + ax_name + "_" + tag + +"_" + format(num, "05")
|
||||||
|
name_im = name + ".jpeg"
|
||||||
|
P.savefig(name_im)
|
||||||
|
|
||||||
|
dmap_rho = slicing.SliceMap(amr, cam, rho_op, z=0.0)
|
||||||
|
map_rho = np.log10(dmap_rho.map)
|
||||||
|
map_rho = map_rho.T
|
||||||
|
|
||||||
|
vx_op = ScalarOperator(lambda dset: dset["vel"][:, 0], ro.info["unit_velocity"])
|
||||||
|
dmap_vx = slicing.SliceMap(amr, cam_z, vx_op, z=0.0)
|
||||||
|
map_vx_red = dmap_vx.map[::vel_red, ::vel_red]
|
||||||
|
|
||||||
|
map_vx_red = map_vx_red.T
|
||||||
|
|
||||||
|
vy_op = ScalarOperator(lambda dset: dset["vel"][:, 1], ro.info["unit_velocity"])
|
||||||
|
dmap_vy = slicing.SliceMap(amr, cam, vy_op, z=0.0)
|
||||||
|
map_vy_red = dmap_vy.map[::vel_red, ::vel_red]
|
||||||
|
|
||||||
|
map_vy_red = map_vy_red.T
|
||||||
|
|
||||||
|
P.clf()
|
||||||
|
im = P.imshow(
|
||||||
|
map_rho,
|
||||||
|
extent=[
|
||||||
|
(-radius + center[0]) * lbox_units,
|
||||||
|
(radius + center[0]) * lbox_units,
|
||||||
|
(-radius + center[1]) * lbox_units,
|
||||||
|
(radius + center[1]) * lbox_units,
|
||||||
|
],
|
||||||
|
origin="lower",
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
P.locator_params(axis=other_axes[i], nbins=ntick)
|
||||||
|
P.locator_params(axis=up_axes[i], nbins=ntick)
|
||||||
|
|
||||||
|
nx = map_vx_red.shape[0]
|
||||||
|
ny = map_vx_red.shape[1]
|
||||||
|
vec_x = (
|
||||||
|
np.arange(nx) * 2.0 / nx * radius - radius + center[0] + radius / nx
|
||||||
|
) * lbox_units
|
||||||
|
vec_y = (
|
||||||
|
np.arange(ny) * 2.0 / ny * radius - radius + center[1] + radius / nx
|
||||||
|
) * lbox_units
|
||||||
|
xx, yy = np.meshgrid(vec_x, vec_y)
|
||||||
|
|
||||||
|
map_vx_red = map_vx_red * scale_v / km_s
|
||||||
|
map_vy_red = map_vy_red * scale_v / km_s
|
||||||
|
max_v = np.max(np.sqrt(map_vx_red ** 2 + map_vy_red ** 2))
|
||||||
|
|
||||||
|
Q = P.quiver(xx, yy, map_vx_red, map_vy_red, units="width")
|
||||||
|
P.quiverkey(
|
||||||
|
Q,
|
||||||
|
0.7,
|
||||||
|
0.95,
|
||||||
|
max_v,
|
||||||
|
r"$" + str(max_v)[0:4] + "\, km \, s^{-1}$",
|
||||||
|
labelpos="E",
|
||||||
|
coordinates="figure",
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
if put_title:
|
||||||
|
P.title(titre)
|
||||||
|
P.xlabel(titre_x)
|
||||||
|
P.ylabel(titre_y)
|
||||||
|
cbar = P.colorbar(im)
|
||||||
|
cbar.set_label(r"$log(n) \, (cm^{-3})$")
|
||||||
|
|
||||||
|
name = directory + "/rho_z" + "_" + tag + str(i_im) + "_" + format(num, "05")
|
||||||
|
name_im = name + ".jpeg"
|
||||||
|
P.savefig(name_im)
|
||||||
|
|
||||||
|
P_op = ScalarOperator(lambda dset: dset["P"], ro.info["unit_pressure"])
|
||||||
|
dmap_P = slicing.SliceMap(amr, cam_z, P_op, z=0.0)
|
||||||
|
P.clf()
|
||||||
|
map_T = np.log10(dmap_P.map.T / dmap_rho.map.T * scale_T2)
|
||||||
|
|
||||||
|
im = P.imshow(
|
||||||
|
map_T,
|
||||||
|
extent=[
|
||||||
|
(-radius + center[0]) * lbox_units,
|
||||||
|
(radius + center[0]) * lbox_units,
|
||||||
|
(-radius + center[1]) * lbox_units,
|
||||||
|
(radius + center[1]) * lbox_units,
|
||||||
|
],
|
||||||
|
origin="lower",
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
P.locator_params(axis="x", nbins=ntick)
|
||||||
|
P.locator_params(axis="y", nbins=ntick)
|
||||||
|
|
||||||
|
if put_title:
|
||||||
|
P.title(titre)
|
||||||
|
|
||||||
|
P.xlabel(titre_x)
|
||||||
|
P.ylabel(titre_y)
|
||||||
|
cbar = P.colorbar(im)
|
||||||
|
cbar.set_label(r"$log(T) \, (K)$")
|
||||||
|
|
||||||
|
name = directory + "/T_z" + "_" + tag + str(i_im) + "_" + format(num, "05")
|
||||||
|
name_im = name + ".jpeg"
|
||||||
|
P.savefig(name_im)
|
||||||
|
|
||||||
|
if cpuamr:
|
||||||
|
level_op = MaxLevelOperator()
|
||||||
|
amr.set_read_levelmax(20)
|
||||||
|
rt = raytracing.RayTracer(amr, ro.info, level_op)
|
||||||
|
datamap = rt.process(cam_z, surf_qty=True)
|
||||||
|
map_level = datamap.map.T
|
||||||
|
|
||||||
|
P.clf()
|
||||||
|
im = P.imshow(
|
||||||
|
map_level,
|
||||||
|
extent=[
|
||||||
|
(-radius + center[0]) * lbox_units,
|
||||||
|
(radius + center[0]) * lbox_units,
|
||||||
|
(-radius + center[1]) * lbox_units,
|
||||||
|
(radius + center[1]) * lbox_units,
|
||||||
|
],
|
||||||
|
origin="lower",
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
P.locator_params(axis="x", nbins=ntick)
|
||||||
|
P.locator_params(axis="y", nbins=ntick)
|
||||||
|
|
||||||
|
if put_title:
|
||||||
|
P.title(titre)
|
||||||
|
P.xlabel(titre_x)
|
||||||
|
P.ylabel(titre_y)
|
||||||
|
cbar = P.colorbar(im)
|
||||||
|
cbar.set_label(r"level")
|
||||||
|
|
||||||
|
name = (
|
||||||
|
directory + "/level_z" + "_" + tag + str(i_im) + "_" + format(num, "05")
|
||||||
|
)
|
||||||
|
name_im = name + ".jpeg"
|
||||||
|
P.savefig(name_im)
|
||||||
|
if ps:
|
||||||
|
P.savefig(name + ".ps")
|
||||||
|
|
||||||
|
if descrip is not None:
|
||||||
|
dd = {}
|
||||||
|
dd.update(
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"name": "mean AMR level in the z-direction"
|
||||||
|
+ " ("
|
||||||
|
+ tag
|
||||||
|
+ str(i_im)
|
||||||
|
+ ")"
|
||||||
|
}
|
||||||
|
)
|
||||||
|
dd.update({"type": "image"})
|
||||||
|
dd.update({"description": "Mean AMR level in the z-direction."})
|
||||||
|
dd.update({"display": 0})
|
||||||
|
dd.update({"item": i_im})
|
||||||
|
dd.update({"tag": tag})
|
||||||
|
data = {"jpeg": name_im}
|
||||||
|
dd.update({"data": data})
|
||||||
|
list_im.append(dd)
|
||||||
|
|
||||||
|
cpu_op = ScalarOperator(
|
||||||
|
lambda dset: dset.icpu * (np.ones(dset["P"].shape)),
|
||||||
|
ro.info["unit_pressure"],
|
||||||
|
)
|
||||||
|
rt = raytracing.RayTracer(amr, ro.info, cpu_op)
|
||||||
|
datamap = rt.process(cam_z, surf_qty=True)
|
||||||
|
map_cpu = datamap.map.T
|
||||||
|
|
||||||
|
P.clf()
|
||||||
|
im = P.imshow(
|
||||||
|
map_cpu,
|
||||||
|
extent=[
|
||||||
|
(-radius + center[0]) * lbox_units,
|
||||||
|
(radius + center[0]) * lbox_units,
|
||||||
|
(-radius + center[1]) * lbox_units,
|
||||||
|
(radius + center[1]) * lbox_units,
|
||||||
|
],
|
||||||
|
origin="lower",
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
P.locator_params(axis="x", nbins=ntick)
|
||||||
|
P.locator_params(axis="y", nbins=ntick)
|
||||||
|
|
||||||
|
if put_title:
|
||||||
|
P.title(titre)
|
||||||
|
|
||||||
|
P.xlabel(titre_x)
|
||||||
|
P.ylabel(titre_y)
|
||||||
|
cbar = P.colorbar(im)
|
||||||
|
cbar.set_label(r"level")
|
||||||
|
|
||||||
|
name = (
|
||||||
|
directory + "/cpu_z" + "_" + tag + str(i_im) + "_" + format(num, "05")
|
||||||
|
)
|
||||||
|
name_im = name + ".jpeg"
|
||||||
|
P.savefig(name_im)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
def disk_prop(
|
||||||
|
path_in,
|
||||||
|
num,
|
||||||
|
path_out=None,
|
||||||
|
force=False,
|
||||||
|
nb_bin=20,
|
||||||
|
rad_ext=100.0,
|
||||||
|
mass_star=1.0,
|
||||||
|
pos_star=np.array([1.0, 1.0, 1.0]),
|
||||||
|
):
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
Compute properties of a disk in the plane (0,x,y)
|
||||||
|
with a protostar at the center of the box
|
||||||
|
|
||||||
|
The region of the disk is defined by its scale height
|
||||||
|
|
||||||
|
Parameters
|
||||||
|
----------
|
||||||
|
|
||||||
|
path_in path of the input data files (output of ramses)
|
||||||
|
num id of the output
|
||||||
|
path_out optional path to the output files
|
||||||
|
force if set, redo ouptut even if already done
|
||||||
|
|
||||||
|
nb_bin Number of radial bins
|
||||||
|
rad_ext Outer radius of the disk
|
||||||
|
|
||||||
|
pos_star position of the central protostar
|
||||||
|
mass_star mass of the central protostar
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
|
||||||
|
# Set th output directory
|
||||||
|
if path_out is not None:
|
||||||
|
directory_out = path_out
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
directory_out = path_in
|
||||||
|
|
||||||
|
# Check if the output file exists, and exit if it is the case
|
||||||
|
if (
|
||||||
|
not force
|
||||||
|
and len(glob.glob(directory_out + "/prop_disk_" + str(num).zfill(5) + ".save"))
|
||||||
|
!= 0
|
||||||
|
):
|
||||||
|
return
|
||||||
|
|
||||||
|
# Compute the bins array
|
||||||
|
lrad = np.log10(rad_ext)
|
||||||
|
rad = np.logspace(lrad - 2.0, lrad, num=nbin)
|
||||||
|
|
||||||
|
# Get Ramses data
|
||||||
|
ro = pymses.RamsesOutput(path_in, num)
|
||||||
|
lbox = ro.info["boxlen"] # boxlen in codeunits (=>pc)
|
||||||
|
|
||||||
|
(
|
||||||
|
AU,
|
||||||
|
pc,
|
||||||
|
Ms,
|
||||||
|
Myr,
|
||||||
|
scale_n,
|
||||||
|
scale_d,
|
||||||
|
scale_t,
|
||||||
|
scale_l,
|
||||||
|
scale_v,
|
||||||
|
scale_T2,
|
||||||
|
scale_ener,
|
||||||
|
scale_mag,
|
||||||
|
microG,
|
||||||
|
km_s,
|
||||||
|
Cwnm,
|
||||||
|
scale_mass,
|
||||||
|
unit_col,
|
||||||
|
lbox_pc,
|
||||||
|
) = me.normalisation(ro)
|
||||||
|
|
||||||
|
time = ro.info["time"] * scale_t / Myr
|
||||||
|
|
||||||
|
# Get array of cell positions
|
||||||
|
amr = ro.amr_source(["rho", "vel", "Br", "Bl", "P"])
|
||||||
|
cell_source = CellsToPoints(amr)
|
||||||
|
cells = cell_source.flatten()
|
||||||
|
dx = cells.get_sizes()
|
||||||
|
pos = cells.points
|
||||||
|
|
||||||
|
# Get positions in the frame of the protostar
|
||||||
|
pos = pos - pos_star
|
||||||
|
# Get cylindrical radius
|
||||||
|
rc = np.sqrt(pos[:, 0] ** 2 + pos[:, 1] ** 2)
|
||||||
|
# Get velocities
|
||||||
|
vel = cells["vel"]
|
||||||
|
# Get radial component of velocity
|
||||||
|
norm_pos = rc
|
||||||
|
norm_pos[rc == 0] = 1.0e-10 # Avoid division per 0
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||||||
|
v_rad = (pos[:, 0] * vel[:, 0] + pos[:, 1] * vel[:, 1]) / norm_pos
|
||||||
|
# Get azimuthal component of velocity
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||||||
|
v_az = (pos[:, 0] * vel[:, 1] - pos[:, 1] * vel[:, 0]) / norm_pos
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||||||
|
|
||||||
|
# Select cells that are actually in the disk, ie within the scale height
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||||||
|
# TODO Check units
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||||||
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G = 6.8e-8
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||||||
|
cs = np.sqrt(cells["P"] / cells["rho"]) * scale_v # sound velocity
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||||||
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height = cs * np.sqrt(rc ** 3 / (G * mass_star))
|
||||||
|
mask_pos = np.abs(pos[:, 2]) < height # condition on position
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||||||
|
mask_dens = cells["rho"] > 1.0e6 # condition on density
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||||||
|
mask = mask_pos or mask_dens
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||||||
|
print("Number of selected cells ", np.sum(mask))
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||||||
|
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||||||
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pos_disk = pos[mask]
|
||||||
|
rc_disk = rc[mask]
|
||||||
|
vel_disk = vel[mask]
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||||||
|
rho_disk = cells["rho"][mask] # density
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||||||
|
press_disk = cells["P"][mask] # pressure
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||||||
|
dx_disk = dx[mask]
|
||||||
|
dvol_disk = dx_disk ** 3
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||||||
|
v_rad_disk = v_rad[mask]
|
||||||
|
v_az_disk = v_az[mask]
|
||||||
|
|
||||||
|
# TODO Check what do that does
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||||||
|
nzoom = 9
|
||||||
|
eps = 0.5 ** nzoom
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||||||
|
map_coldens, map_w13, xedges, yedges = me.make_hierarch_map(
|
||||||
|
pos_disk_x,
|
||||||
|
pos_disk_y,
|
||||||
|
pos_disk_z,
|
||||||
|
dx_disk,
|
||||||
|
rho_disk,
|
||||||
|
rho_disk,
|
||||||
|
eps,
|
||||||
|
center=[0.0, 0.0, 0.0],
|
||||||
|
make_image=do_plot,
|
||||||
|
path_out=directory_out,
|
||||||
|
tag="xy_" + str(num).zfill(5),
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
map_coldens, map_w13, xedges, yedges = me.make_hierarch_map(
|
||||||
|
pos_disk_z,
|
||||||
|
pos_disk_x,
|
||||||
|
pos_disk_y,
|
||||||
|
dx_disk,
|
||||||
|
rho_disk,
|
||||||
|
rho_disk,
|
||||||
|
eps,
|
||||||
|
center=[0.0, 0.0, 0.0],
|
||||||
|
make_image=do_plot,
|
||||||
|
path_out=directory_out,
|
||||||
|
tag="xz_" + str(num).zfill(5),
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
# Initialize binned quantities
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||||||
|
norm_rad = lbox * scale_l / AU # radius in AU
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||||||
|
rdisk_AU = rad_disk * norm_rad
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||||||
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|
||||||
|
cs_rad = np.zeros(nbin - 1)
|
||||||
|
temp_rad = np.zeros(nbin - 1)
|
||||||
|
press_rad = np.zeros(nbin - 1)
|
||||||
|
rho_rad = np.zeros(nbin - 1)
|
||||||
|
coldens_rad = np.zeros(nbin - 1)
|
||||||
|
v_az_rad = np.zeros(nbin - 1)
|
||||||
|
v_rad_rad = np.zeros(nbin - 1)
|
||||||
|
|
||||||
|
for i in range(nbin - 1):
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||||||
|
mask_bin = (rdisk_AU > rad[i]) or (rdisk_AU < rad[i + 1])
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||||||
|
|
||||||
|
press_rad[i] = np.sum(press_disk[mask] * dvol_disk[mask]) / np.sum(
|
||||||
|
dvol_disk[mask]
|
||||||
|
)
|
||||||
|
rho_rad[i] = np.sum(rho_disk[mask] * dvol_disk[mask]) / np.sum(dvol_disk[mask])
|
||||||
|
temp_rad[i] = press_rad[i] / rho_rad[i]
|
||||||
|
|
||||||
|
# TODO vérifier unités
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|
# Surface of a bin : S = dr * 2 * pi * r with
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|
# dr = rad[i + 1] - rad[i] and r = (rad[i + 1] + rad[i]) / 2.
|
||||||
|
coldens_rad[i] = (
|
||||||
|
np.sum(rho_disk[mask] * dvol_disk[mask])
|
||||||
|
* (lbox * pc) ** 3
|
||||||
|
/ ((rad[i + 1] - rad[i]) * (rad[i + 1] + rad[i]) * np.pi * AU ** 2)
|
||||||
|
)
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||||||
|
|
||||||
|
v_az_rad[i] = np.sum(
|
||||||
|
v_az_disk[mask] * rho_disk[mask] * dvol_disk[mask]
|
||||||
|
) / np.sum(rho_disk[mask] * dvol_disk[mask])
|
||||||
|
|
||||||
|
v_rad_rad[i] = np.sum(
|
||||||
|
v_rad_disk[mask] * rho_disk[mask] * dvol_disk[mask]
|
||||||
|
) / np.sum(rho_disk[mask] * dvol_disk[mask])
|
||||||
|
|
||||||
|
alpha_rey_rad[i] = (
|
||||||
|
(
|
||||||
|
np.sum(
|
||||||
|
v_az_disk[mask]
|
||||||
|
* v_rad_disk[mask]
|
||||||
|
* rho_disk[mask]
|
||||||
|
* dvol_disk[mask]
|
||||||
|
)
|
||||||
|
/ np.sum(dvol_disk[mask] * press_disk[mask])
|
||||||
|
- v_az_rad[i] * v_rad_rad[i] * rho_rad[i] / press_rad[i]
|
||||||
|
)
|
||||||
|
* v_az_rad[i]
|
||||||
|
/ abs(v_az_rad[i])
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
prop_disk = {
|
||||||
|
"time": time,
|
||||||
|
"rad_AU": rad[0 : nbin - 1],
|
||||||
|
"center": pos_mass,
|
||||||
|
"alpha_rey": alpha_rey_rad,
|
||||||
|
"v_rad": v_rad_rad,
|
||||||
|
"v_az": v_az_rad,
|
||||||
|
"coldens": coldens_rad,
|
||||||
|
"rho": rho_rad,
|
||||||
|
"press": press_rad,
|
||||||
|
"temp": temp_rad,
|
||||||
|
"cs": cs_rad,
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
# Convert to good units (TODO check)
|
||||||
|
cs_rad = np.sqrt(temp_rad) * scale_v / km_s
|
||||||
|
temp_rad = temp_rad * scale_T2
|
||||||
|
press_rad = press_rad * scale_v ** 2 * scale_d
|
||||||
|
|
||||||
|
v_az_rad = v_az_rad * scale_v / km_s
|
||||||
|
v_rad_rad = v_rad_rad * scale_v / km_s
|
||||||
|
|
||||||
|
# store the results
|
||||||
|
name_save = directory_out + "/prop_disk_" + str(num).zfill(5) + ".save"
|
||||||
|
f = open(name_save, "w")
|
||||||
|
pickle.dump(prop_disk, f)
|
||||||
|
f.close()
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
def plot_disk_prop(path, num, force=False, pdf=False, tag=""):
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
Plot properties of a disk
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||||||
|
|
||||||
|
num id of the ramses output
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||||||
|
path path to the properties file
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||||||
|
force if set, redo plots even if already done
|
||||||
|
|
||||||
|
pdf if set, do output in pdf as well
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||||||
|
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
|
||||||
|
# Load property file
|
||||||
|
name_save = path + "/prop_disk_" + str(num).zfill(5) + ".save"
|
||||||
|
|
||||||
|
# Check if the properties file exists
|
||||||
|
if len(glob.glob(name_save)) == 0:
|
||||||
|
print("no pickle file for disk properties. Run single_z_disc_prop")
|
||||||
|
return
|
||||||
|
f = open(name_save, "r")
|
||||||
|
prop_disk = pickle.load(f)
|
||||||
|
f.close()
|
||||||
|
|
||||||
|
P.clf()
|
||||||
|
P.plot(
|
||||||
|
np.log10(prop_disc["rad_AU"]),
|
||||||
|
np.log10(prop_disc["rho"]),
|
||||||
|
color="k",
|
||||||
|
linewidth=2,
|
||||||
|
)
|
||||||
|
P.ylabel(r"$\log(n) \, (cm^{-3})$")
|
||||||
|
P.xlabel("disk radius (AU)")
|
||||||
|
|
||||||
|
if pdf:
|
||||||
|
P.savefig(path + "rho_disk_r_" + str(num).zfill(5) + ".pdf")
|
||||||
|
P.savefig(path + "rho_disk_r_" + str(num).zfill(5) + ".jpeg")
|
||||||
|
|
||||||
|
P.clf()
|
||||||
|
P.plot(
|
||||||
|
np.log10(prop_disc["rad_AU"]),
|
||||||
|
np.log10(prop_disc["temp"]),
|
||||||
|
color="k",
|
||||||
|
linewidth=2,
|
||||||
|
)
|
||||||
|
P.ylabel(r"$\log(T) \, (K)$")
|
||||||
|
P.xlabel("disc radius (AU)")
|
||||||
|
|
||||||
|
if pdf:
|
||||||
|
P.savefig(path + "T_disk_r_" + str(num).zfill(5) + ".pdf")
|
||||||
|
P.savefig(path + "T_disk_r_" + str(num).zfill(5) + ".jpeg")
|
||||||
|
|
||||||
|
P.clf()
|
||||||
|
|
||||||
|
P.xscale("log")
|
||||||
|
P.yscale("symlog", linthreshy=0.01)
|
||||||
|
|
||||||
|
P.plot((prop_disc["rad_AU"]), ((prop_disc["v_rad"])), color="k", linewidth=2)
|
||||||
|
P.plot((prop_disc["rad_AU"]), (abs(prop_disc["v_az"])), color="r", linewidth=2)
|
||||||
|
P.plot((prop_disc["rad_AU"]), ((prop_disc["cs"])), color="c", linewidth=2)
|
||||||
|
|
||||||
|
P.legend((r"$v_r$", r"$v_\phi$", r"$c_s$"), loc="upper right")
|
||||||
|
|
||||||
|
P.ylabel(r"$V \, (km s^{-1})$")
|
||||||
|
P.xlabel("disc radius (AU)")
|
||||||
|
|
||||||
|
if pdf:
|
||||||
|
P.savefig(path + "V_disk_r_" + str(num).zfill(5) + ".pdf")
|
||||||
|
P.savefig(path + "V_disk_r_" + str(num).zfill(5) + ".jpeg")
|
||||||
|
|
||||||
|
P.clf()
|
||||||
|
P.plot(
|
||||||
|
np.log10(prop_disc["rad_AU"]),
|
||||||
|
np.log10(prop_disc["coldens"]),
|
||||||
|
color="k",
|
||||||
|
linewidth=2,
|
||||||
|
)
|
||||||
|
P.ylabel(r"$\log(N) \, (cm^{-2})$")
|
||||||
|
P.xlabel("disc radius (AU)")
|
||||||
|
|
||||||
|
if pdf:
|
||||||
|
P.savefig(path + "coldens_disk_r_" + str(num).zfill(5) + ".pdf")
|
||||||
|
P.savefig(path + "coldens_disk_r_" + str(num).zfill(5) + ".jpeg")
|
||||||
|
|
||||||
|
P.clf()
|
||||||
|
P.xscale("log")
|
||||||
|
P.yscale("symlog", linthreshy=0.001)
|
||||||
|
|
||||||
|
P.plot(prop_disc["rad_AU"], prop_disc["alpha_rey"], color="b", linewidth=2)
|
||||||
|
|
||||||
|
P.legend((r"$\alpha _{Rey}$"), loc="upper right")
|
||||||
|
|
||||||
|
P.ylabel(r"$\alpha}$")
|
||||||
|
P.xlabel("disc radius (AU)")
|
||||||
|
|
||||||
|
if pdf:
|
||||||
|
P.savefig(path + "alpha_disk_r_" + str(num).zfill(5) + ".pdf")
|
||||||
|
P.savefig(path + "alpha_disk_r_" + str(num).zfill(5) + ".jpeg")
|
||||||
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